As origens de Albufeira são desconhecidas, mas acredita-se que a região já era habitada em tempos pré-históricos. Séculos antes da nossa era, o local onde hoje se encontra a cidade teria sido uma importante povoação com um porto marítimo.
Os Romanos ocuparam a primitiva povoação e chamaram-na de Baltum. Eles introduziram uma organização administrativa centralizada e desenvolveram uma intensa atividade agrícola e comercial. Construíram aquedutos, estradas e pontes, dos quais ainda restam vestígios.
A partir de meados do século XIX, a economia da região começou a prosperar graças à atividade piscatória.
Nas primeiras décadas do século XX, houve um aumento significativo na exportação de peixe e frutos secos. A vila contava então com cinco fábricas que empregavam entre 700 a 800 pessoas, principalmente mulheres de pescadores.
Entre 1930 e 1960, Albufeira passou por um período de decadência. As armações de pesca deterioraram-se, as fábricas fecharam, as embarcações desapareceram e muitas casas foram abandonadas. A população foi reduzida pela metade e a pesca voltou a ser uma atividade de subsistência.
No início da década de 1960, surgiu o turismo em Albufeira. A cidade começou a atrair turistas nacionais e, posteriormente, prosperou especialmente com a chegada dos turistas ingleses.
Na década de 1980, Albufeira passou por um grande crescimento urbanístico. A cidade expandiu-se para nascente, onde foram transferidos a maioria dos serviços administrativos, incluindo a Câmara Municipal.